打造二周目通关阵容需要兼顾属性平衡与专精化分工。核心原则是覆盖尽可能多的属性克制关系，同时确保每只宝可梦能发挥其战斗定位优势。推荐选择包含草/毒属性的妙蛙花、火属性的喷火龙、水属性的水箭龟作为基础三角阵容，这三者能形成属性互补。电击兽凭借高速电系攻击可有效针对水系与飞行系敌人，而钢属性的大钢蛇能提供稳固的防御支撑。最后一个位置建议选择多功能型宝可梦如暴鲤龙，其水/龙双属性可应对复杂战况。队伍中至少需配备1-2只掌握恢复或控场技能的辅助型角色。
二周目敌方训练家等级显著提升，阵容构建需更注重战术层次。物理输出型推荐巨钳螳螂或鲁阿胡斯，其高攻击力配合本系技能能快速突破防线。特殊输出型可选择海皇牙或胡地，利用冰冻光束、精神冲击等特攻技能压制对手。防御型需优先考虑双抗均衡的班基拉斯或铁甲贝，它们能承受多次攻击并为队伍创造喘息机会。速度型代表雷丘或狩猎鹰王可抢占先手优势，通过电磁波等技能干扰敌方节奏。注意避免队伍属性重复，例如同时携带两只弱岩石系的飞行属性宝可梦会形成明显短板。
通关过程中需动态调整阵容应对特定挑战。面对四大天王时，冰系天王科拿的队伍需准备火系与格斗系输出；毒系天王需配备超能力系克制；龙系天王则需要冰系或龙系反制。七岛任务中获取的传说宝可梦如火焰鸟、急冻鸟可临时加入队伍填补属性空缺。注意保留技能机资源，根据关卡需求灵活调整招式配置，例如攀瀑术对熔岩地形、碎岩术对障碍破除具有场景特异性价值。队伍中建议常备1只掌握冲浪术的水系成员以应对水上移动需求。
后期重点培养方向应集中于技能组合优化。草系宝可梦需配备睡眠粉等控场技能；电系成员建议学习雷电波形成速度压制；水系单位掌握冰冻光束可扩展打击面。每只宝可梦至少保留1个本系高威力技能和1个补盲技能，例如喷火龙可配置火焰喷射搭配空气切割。注意技能PP值管理，持久战中需合理分配高PP技能与爆发技能的使用频次。道具配置方面，属性增强道具如神秘水滴、木炭等能显著提升输出效率，而剩饭等恢复道具适合坦克型角色。
阵容最终成型后需通过实战检验协调性。训练师之塔是理想的测试场所，其多变的对手组合能暴露队伍潜在缺陷。常见问题包括对电系防御薄弱或缺乏反制超能力系的手段，可考虑替换部分成员或调整技能配置。注意观察战斗节奏是否流畅，理想状态下队伍应能应对速攻与消耗两种战术需求。二周目通关不是终点，后续可继续完善全国图鉴收集，但当前阵容已具备处理主线所有关键战斗的能力。
