宝可梦交换是实现图鉴收集和特定宝可梦进化的核心机制之一。游戏内交换主要分为两种形式：本地联机交换和NPC固定交换。本地联机交换需要两台GBA设备通过专用连接线实现，玩家需进入任意宝可梦中心的二楼通讯区，选择交换功能后与另一名玩家配对完成操作。这种交换方式适用于需要通讯进化的宝可梦（如豪力进化怪力），且交换后宝可梦的归属权将永久转移。
NPC固定交换是游戏内预设的宝可梦互换事件，玩家可通过与特定NPC对话触发。例如在月见山出口附近，一名训练家会提出用尼多兰交换尼多朗；而在彩虹市大楼顶层，老奶奶会赠送伊布作为剧情奖励。这类交换通常无需额外设备，但交换对象和条件固定，无法自由选择。需注意部分NPC交换的宝可梦携带特殊道具或具有独特技能，建议提前存档以避免意外覆盖重要宝可梦。
交换功能还涉及版本限定宝可梦的获取。火红版与叶绿版之间存在部分宝可梦的独占设计（如火红版独占穿山鼠），玩家必须通过跨版本交换才能集齐全图鉴。交换获得的宝可梦经验值会提升1.5倍，且亲密度重置为基础值，这对培养高等级队伍具有战略意义。交换过程中若网络或连接不稳定可能导致数据丢失，建议在安全环境下操作。
对于模拟器玩家，可通过修改模拟器设置实现虚拟联机。部分模拟器支持本地连接功能，需取消暂停非活动窗口选项并同步加载两个存档文件。此方法能模拟真实联机环境，但需确保ROM版本一致且存档兼容性良好。交换后的宝可梦若携带特殊道具（如金属膜），会在交换瞬间触发进化判定，无需额外操作。
例如与七之岛的特定NPC重复对话可能解锁隐藏交换任务，或获得携带稀有道具的宝可梦。建议玩家在通关后探索全地图，与所有NPC反复交互以触发潜在事件。交换系统的设计既丰富了游戏社交性，也为单机玩家提供了更多收集可能性，合理利用该机制能显著提升游戏体验的完整性。
