组合奥义是游戏的核心玩法之一，但部分特殊组合的触发条件和效果并未在官方指南中明确说明。目前已发现的隐藏组合包括鹿丸+丁次+井野的鹿蝶猪组合、鸣人+波风水门+玖辛奈的真太极螺旋丸，以及九尾鸣人+雏田的柔风螺旋双狮拳。这些组合需特定角色搭配且站位正确才能触发，例如尾兽连弹必须选择非中间形态的九尾鸣人与四代目火影。部分组合如新三组鼎力还需三人同时在场，且奥义图标会变为金色提示可触发。
普通合体奥义需蓄满小队能量后按三次集气键（YYY）接攻击键（B），但特殊组合奥义会直接替换角色默认奥义，无需额外操作。例如晓组织的联合奥义需小南、飞段、迪达拉等11名成员同时在场，而继承的火焰意志需初代、二代、三代火影组合。部分组合如卡卡西+凯的永远的死对头仅需两人，但必须确保角色关系符合原作设定。
游戏未公开的设定包括部分组合的隐藏加成。例如团队合作很优秀（少年第七班）的奥义伤害高于普通三人组合，而天照二重（佐助+鼬）附带持续灼烧效果。秽土转生角色与生前版本不可混用组合，如秽土斑与活柱间无法触发意气之争。玩家需注意角色版本，如雷遁螺旋丸仅限成年佐助与九尾鸣人（第三形态）。
一是误判角色形态，如真太极螺旋丸要求鸣人使用默认形态而非九尾模式；二是忽略小队模式下的奥义替换机制，部分组合需在选人界面确认奥义名称是否变化；三是未合理分配查克拉，连续释放组合奥义可能导致后续战斗乏力。建议优先解锁角色羁绊关系图鉴，系统会标注可用组合。
游戏未提及的彩蛋包括凌乱雪月花（鼬+止水）的雪花特效，以及灼热砂（我爱罗+手鞠+勘九郎）对风属性忍术的伤害加成。这些细节需通过反复试验或查阅社区资料验证，官方并未提供完整清单。
