合理的兵力配置是决定战斗胜负的核心因素。舰队搭配需要综合考虑舰船类型、指挥值分配、功能互补以及战场环境。主力接战队通常以高防御和高输出的舰船为核心，例如奇美拉巡洋舰和卡利斯托巡洋舰，前者承担前排抗伤任务，后者提供中后排火力支援。指挥值分配需优先满足主力舰船的数量，剩余指挥值可用于补充防空或特殊功能舰船，例如光锥级防空舰或维修型舰船。
输出舰队的配置逻辑与主力舰队不同，其核心目标是最大化火力输出，因此无需过多考虑生存能力。这类舰队通常由高攻击舰船组成，例如红宝石离子炮型或雷里亚特隐身型，并搭配高速舰船确保机动性。由于游戏机制中首支接战舰队会承受全部伤害，输出舰队往往作为第二支参战队伍，从侧翼或后方发动攻击。这种配置在对抗高防御目标或执行快速打击任务时尤为有效。
高速抄家舰队是另一种功能性配置，专精于快速突袭敌方采矿平台或前哨站。这类舰队以护卫舰和驱逐舰为主，例如艾奥级或斗牛级，通过点满速度属性实现高速移动。其战术价值在于干扰敌方资源采集或迫使对手分散防御力量，但需注意避免与敌方主力舰队正面交锋。高速舰队的配置需平衡速度与输出，确保在突袭中能快速摧毁目标并撤离。
兵力配置还需根据敌方阵容动态调整。若敌方以舰载机为主，需增加防空舰船比例；若敌方侧重高护甲单位，则需搭配能量武器或离子炮舰船。联盟协作也是兵力配置的重要环节，成员间可通过资源共享和舰队互补形成战术协同。主力舰队吸引火力时，盟友的输出舰队可趁机包夹。这种多角度配合能显著提升整体作战效率。
技术值应优先分配给核心舰船的武器和防御系统，例如前排舰船的护甲或中排舰船的暴击属性。维修舰船在前期开荒中作用显著，但在后期大规模战斗中效果有限，可酌情替换为输出型舰船。兵力配置并非一成不变，需通过实战不断优化，最终形成适应个人风格和联盟需求的舰队体系。
